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7.6 Primequest(自然科学研究機構計算科学研究センター(通称:分子研))

(a)
一般的な計算手順は、同センターが作っている計算機のマニュアルを参考にする。 マシンリプレースにより2006年度夏からマシン構成が変わった。 ccfep1からccprqにログインしてからコンパイル等の作業を 行う。

(b)
キューイングシステムにより計算ジョブをフロントエンドプロセッサーから バックエンドプロセッサーに投入する方法で計算を行う。ccfep1または ccprqにおいてジョブを投入する。

(c)
cpvo.shで、exstyleを設定する。 exstyle=pを設定する。 drvnameには、prqを指定する。 frtにはfortを指定する。

(d)
ジョブ投入用のスクリプトファイルを作成する。 jcf.prq.shを利用することができる。 このスクリプト内で並列度数、スレッド数、制限時間およびメモリ制限を指定する。
# @$-lP 2
# @$-lp 5
# @$-lT 12:00:00
# @$-lm 1gb
上記の例は、並列度数2、スレッド数5、計算経過時間12時間および メモリ1GB、を指定している。使用されるCPU数は、並列度数2、スレッド数5 を掛け算した10CPUである。CPVOコードの場合スレッドを1と指定し、MPI並列 計算を実施する方が効率的なようである。計算を行うカレントディレクトリを 指定する。例えば、
cd /home1/users/qu1/CPVO/application/c.nt.0404
のようにする。

(e)
ジョブの投入は、
%> jsub -q PB jcf.prq.sh (return)
とする。-qは、キューの種類である。 ジョブを監視するには、
%> jstatr -h ccprq
%> jstatq -h ccprq
等があるが、分子研のマニュアルを参考にしてほしい。 ジョブをキャンセルするには、jstatrでジョブID job_idを知り、
%> jdel -h ccprq job_id
とする。


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Copyright (C), Tatsuki Oda (oda@cphys.s.kanazawa-u.ac.jp, Kanazawa University)