7.5 Altix4700(自然科学研究機構計算科学研究センター(通称：分子研))

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(a)

一般的な計算手順は、同センターが作っている計算機のマニュアルを参考にする。マシンリプレースにより2006年度夏からマシン構成が変わった。 ccfep1からccatxにログインしてからコンパイル等の作業を行う。

(b)

キューイングシステムにより計算ジョブをフロントエンドプロセッサーからバックエンドプロセッサーに投入する方法で計算を行う。ccfep1または ccatxにおいてジョブを投入する。

(c)

cpvo.shで、exstyleを設定する。 exstyle=pを設定する。 drvnameには、rccsaltixを指定する。 frtにはfortを指定する。

(d)

ジョブ投入用のスクリプトファイルを作成する。 jcf.altix.shを利用することができる。このスクリプト内で並列度数、メモリ、および制限時間を指定する。

#PBS -l select=ncpus=3:mem=4096mb
#PBS -l cput=48:00:00

上記の例は、並列度数3、メモリ4GB、計算経過時間48時間を指定している。計算を行うカレントディレクトリを指定する。例えば、

cd /home1/users/qu1/CPVO/application/c.nt.0404

のようにする。

(e)

ジョブの投入は、

%> jsub -q PA jcf.altix.sh (return)

とする。-qは、キューの種類である。ジョブを監視するには、

%> jstatr -h ccatx

や

%> jstatq -h ccatx

等があるが、分子研のマニュアルを参考にしてほしい。ジョブをキャンセルするには、jstatrでジョブID job_idを知り、

%> jdel -h ccatx job_id

とする。