7.7 mic3(金沢大学、R-Cluster)

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7.7 mic3(金沢大学、R-Cluster)

(a)

このマシンのノード間通信には、ミリネットが採用されている。 SCoreシステム環境を用いて、このミリネットを用いた高速な通信が使用できるようになっている。

(b)

このマシンは、各ノードは、ホームディレクトリが存在するディスクがマウントされており、各ノードから同一のディスクにアクセスするようになっている。ただし、/tmp.space/がマウントされていないのでホームディレクトリ以下に計算コードの全てをおいて計算する必要がある。 (tmpsysもホームディレクトリ以下にすること。)

(c)

cpvo.shで、exstyle=pを設定する。numcpuは、並列度数を指定する。最大8までである。 drvnameには、scrunを指定する。 frtにはfortを指定する。

(d)

計算は、次のように行う。まず、

%> scout -g pcc (return)

のように、SCore環境に入る(SCoreの起動)。このSCore環境下で、使用可能なノードを表示するには、

%> scout (return)

とする。この環境下でも、通常のUNIXのコマンドが使用できる。 CPVOの実行は、

%> ./cpvo.sh  (return)

とする。不便であるが、バックグラウンドジョブで、計算を実行することはできない。 SCore環境から抜けるには、

%> exit

とする。この環境を使いやすくするには、SCore環境のターミナル以外にもう一つのターミナルで、出力ファイルを閲覧し、計算の進み具合を確認するとよいだろう。

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