1.1.5 Input data script file（入力データスクリプト）

Following existing scrpt files are prepared on the basis of the content of the calculation. You should write these scripts in exlist.sh and excute them. If contents of the calculation which you want to execute are not included in existing script files, it is necessary to generate new script files.

計算内容により、下記のような既存スクリプトが用意されている。これらのスクリプトをexlist.sh中に記述して使用する。 既存のスクリプトの中に、行ないたい計算内容が含まれない場合は、スクリプトを新たに作る必要がある。

ex_opte.sh
The convergence of electron system is executed and atomic force and pressure of the system are calculated at the end.

電子系の収束を行い、最後に原子に働く力と系の圧力を計算する。

ex_opte_more1.sh
The further convergence of electron system is executed in the wake of ex_opte.sh, atomic force and pressure of system are calculated at the end.

電子系の収束で、ex_opte.shに続けて、さらに電子系の収束を行い、 最後に原子に働く力と系の圧力を計算する。

ex_opte_more2.sh
The further convergence of electron system is executed in the wake of ex_opte.sh or ex_opte_more1.sh, atomic force and pressure of system are calculated at the end.

電子系の収束で、ex_opte.shまたはex_opte_more1.shに続けて、 さらに電子系の収束を行い、最後に原子に働く力と系の圧力を計算する。

ex_pf.sh
Atomic force and pressure are calculated from convergent electron system.

収束した電子系から原子に働く力と圧力を計算する。

ex_opts.sh
It performes the optimization of atomic structure from convergent electron system.

収束した電子系から原子構造の最適化を行なう。

ex_md.sh
Molecular dynamics is performed from convergent electron system.

収束した電子系から分子動力学を実行する。

ex_ecut.sh
Convergence of electron system for several electron system is executed through changing the cutoff energy of the wave function.

波動関数のカットオフエネルギーを変化させながらいくつもの電子系の収束を行なう。

ex_ecut.sh
Convergence of electron system for several electron system is executed through changing the cutoff energy of electron density.

電子密度のカットオフエネルギーを変化させながらいくつもの電子系の収束を行なう。

ex_ksmp.sh
Convergence of electron system for several electron system is executed through changing the number of k-point sampling.

k点のサンプル数を変化させながらいくつもの電子系の収束を行なう。

ex_sppt.sh
To generate a special point, this script execute CPVO and generate an input file for JKSMP=3. (You must take care to execute because there are a lot of IBRAV whose operation check hasn't been confirmed.)

スぺシャルポイントを作成するためにCPVOを動作させてJKSMP=3用の入力ファイルを作成する。 (動作確認がされていないIBRAVが多数存在するので注意が必要である。)

ex_multi-a.sh
Convergence of electron system for several electron system is executed through changing the value of lattice constant $a$.

格子定数$a$の値を変化させながらいくつもの電子系の収束を行なう。

ex_bond.sh
Convergence of electron system for several electron system is able to be executed through changing the value of variable dbond. By default, ex_opte.sh is used for convergence of the electron system and exported variable dbond is not assigned anywhere. By using variable dbond for assigning coordinates of sample.dat.sh, convergence of electron system for several electron system is able to be executed through changing the interatomic distance, etc. of the cluster by using variable dbond.

変数dbondの値を変化させながらいくつもの電子系の収束を行なう ことができる。 デフォルトでは、電子系の収束には、ex_opte.shを用いており、 exportした変数dbondが何処にも指定されていない。 sample.dat.shの座標の指定に変数dbondを使うことにより、 クラスターの原子間距離などを変化させながらいくつもの電子系の収束を 行なうことができる。

ex_optl.sh
It assigns one value of pressure(external pressure) and optimize the lattice constant. As written in the file exlist.sh, this script should be executed after finishing copy of the celldm0 and calculation of the ex_opte.sh.

一つの圧力(外圧)値を指定して、格子定数の最適化を行なう。ファイルexlist.shにあるように、 celldm0のコピーとex_opte.shの計算を行なった後に、このスクリプトを動かすようにする。

ex_pres.sh
It assigns several values of external pressure and executes the optimization of lattice constant for each external pressure in series. After finishing ex_optl.sh, this script should be executed.

複数の外圧値を指定して、各々の圧力に対して、順次、格子定数の最適化を行なう。 ex_optl.shを動かした後に、このスクリプトを使うようにする。

ex_optls.sh
It assigns one value of pressure(external pressure) and optimize the lattice constant and the atomic position. As written in the file exlist.sh, this script should be executed after finishing copy of the celldm0 and calculation of the ex_opte.sh.

一つの圧力(外圧)値を指定して、格子定数と原子位置の最適化を行なう。ファイルexlist.sh にあるように、celldm0のコピーとex_opte.shの計算を行なった後に、このスクリプトを 動かすようにする。

ex_press.sh
It assigns several values of external pressure and executes the optimization of lattice constant and the atomic position ,for each external pressure in series. After finishing ex_optl.sh, this script should be executed.

複数の外圧値を指定して、各々の圧力に対して、順次、格子定数と原子位置の最適化を行なう。 ex_optls.shを動かした後に、このスクリプトを使うようにする。

ex_ek.sh
By using converged wave function of electrons, band dispersion relation for the crystal is calculated. (The number of the output band is assigned by iupsta, etc. in this file.)

収束した電子の波動関数を用いて結晶に対するバンドの分散関係を計算する。 (出力するバンドの本数は、このファイル内のiupstaなどで指定する。)

ex_fs.sh
Some date used for drawing Fermi surface for the crystal are calculated by using converged wave function of electrons. (The number of steps for calculating the eigenvalue is assigned in the first part of this file.)

収束した電子の波動関数を用いて結晶に対するフェルミ面を描くためのデータを計算する。 (固有値を計算する格子のきざみ数をこのファイルの先頭部分で指定する。)

ex_lmc.sh
Partial density of states is calculated by using converged wave function of electrons. (Refer to 1.3.7.)

収束した電子の波動関数を用いて部分状態密度を計算する。(項目1.3.7参照)

ex_eig.sh
Total density of states is only calculated by using converged wave function of electrons. (Refer to 1.3.8.)

収束した電子の波動関数を用いて全状態密度のみを計算する。(項目1.3.8参照)

ex_dos.sh
Partial density of states(tetrahedron method) is calculated by using converged wave function of electrons. (Refer to 1.3.9)

収束した電子の波動関数を用いて部分状態密度(四面体法)を計算する。(項目1.3.9参照)

ex_dos1.sh
Partial density of states(tetrahedron method) is calculated on the way of ex_dos.sh. (Refer to 1.3.9)

ex_dos.shの途中から部分状態密度(四面体法)を計算する。 (項目1.3.9参照)

ex_lmc.sh
Partial density of states is calculated by using converged wave function of electrons. (Refer to 1.3.7)

収束した電子の波動関数を用いて部分状態密度を計算する。(項目1.3.7参照)

ex_bchg.sh
The space distribution of the electron density of the orbital state based on convergent wave function of electrons is calculated.

収束した電子の波動関数を用いて指定する軌道状態の電子密度の空間分布を計算する。

ex_spr.sh
In case of non-collinear magnetism(NSPIN=4), it rotates the direction of quantization axis of the entire system. (The modification method is assigned by spnrot.dat in the script file sample.dat.sh)

ノンコリニアー磁性計算の場合(NSPIN=4)に、系全体の量子化軸の方向を回転させて変更する。 (変更の仕方は、スクリプトsample.dat.sh内のspnrot.datで指定する。)

ex_omega.sh
It assigns one value of volume and calculate the electron state in case of different lattice constant. (Only the Bravais lattice type of IBRAV=4,5 can be used.)

一つの体積値を指定して、異なった格子定数の場合の電子状態を計算する。 (IBRAV=4,5のブラベー格子型のみ使用可能)

ex_lc-bm.sh
The electron state is calculated with changing the lattice parameter and the equilibrium lattice constant and the volume elasticity modulus are calculated from the total energy and the value of pressure. (Only the Bravais lattice type of IBRAV=1,2,3,4,5,6,7 can be used.)

格子定数を変化させながら電子状態を計算し、全エネルギーや圧力値から平衡格子定数と体積弾性率を計算する。 (IBRAV=1,2,3,4,5,6,7のブラベー格子型のみ使用可能)

ex_dval.sh
The spacing value $d(hkl)$ of reflection plane used by the X-ray diffraction experiment is calculated. It is calculated regardless of the convergent calculation of the electron system and the disappearance rule, etc. of the structure factor are obtained.

X線回折実験にて用いられる反射面の間隔$d(hkl)$値を計算する。 電子系の収束計算とは関係なく計算し、構造因子の消滅則などを得る。

ex_optechk.sh
It is prepared to confirm input data previously and executes only the first section of ex_opte.sh(until the reading PP file). It is used with the system which requires large calculation and long job waiting time, etc.

入力データをあらかじめ確認するために、用意されたもので、ex_opte.shの始まりの部分だけ (PPの読み込みまで)を実行する。大きな計算やジョブ待ちの長いシステムなどで用いる。

atpdesign.sh
It generates several atomic positions such as the surface of the simple metal, carbon nanotubes(CNT), carbon Nanoribbons, and clusters, etc. It is executed before performing convergence of electron systems. It is the one to calculate atomic position data in script file sample.dat.sh previously.

単純金属の表面、カーボンナノチューブ(CNT)、カーボンナノリボン、クラスター等の原子配置を作成する。 電子系の収束を行う前に実行し、スクリプトsample.dat.sh内の原子配置データをあらかじめ計算 するものである。

There is a variable which should be edited backward and forward the line written edit within each of these script files. It is necessary to set variables which greatly depends on the calculation object or the part cannot be automated in each case. (Refer to 1.3)

これらの各スクリプト中で、editと書かれた行の前後に編集すべき変数がある。 自動化できない部分や計算対象に大きく依存する変数は、その都度設定し直す必要がある。 詳細は、節1.3を参照。