1.3.1 cpvo.sh

It is the most significant script file to execute calculation code CPVO. Substatial execution shifts to script file exlist.sh in the last part of this script file.

計算コードCPVOを実行するための、最上位のスクリプトである。 このスクリプトの最後の部分で実質的な実行が、スクリプトexlist.shに移行する。

Assignment of directories（ディレクトリの指定）
Home-directory(${hmdir}), working-directory(${wkdir}), directory-name(${dirname}), run-directory(${rundir}), program-directory(${pgdir}), temporary-directory(${tmpdir}), etc. are assigned. For hmdir,wkdir and dirname, you must assign so that they don't contradict with the current-directory. For ${pgdir} and ${tmpdir}, in the light of calculaiton environment, you should assign another directory or a disk which has rapid control access. For kpdir, the directory which stores k-point files based on the space-group symmetry is assigned and unmodifiable. For s0rdir, the directory which stores the data file of $S_{0}({\bf r})$ is assigned and unmodifiable.

ホームディレクトリー (${hmdir})、 ワークディレクトリー (${wkdir})、 ディレクトリーネーム (${dirname})、 実行ディレクトリー (${rundir})、 プログラムディレクトリー (${pgdir})、 テンポラリーディレクトリー (${tmpdir})など を指定する。 hmdir,wkdir,dirnameに関しては、 現在のディレクトリーと矛盾しないよう に指定する。 プログラムディレクトリー(${pgdir})、 テンポラリーディレクトリー(${tmpdir}) には、計算環境を考えて、制御アクセスが早いディスクまたは 別のディレクトリーを指定するとよい。 kpdirには、空間群の対称性を考慮した場合のk点のファイルを 格納しているディレクトリーを指定している。 (変更不可) s0rdirには、 $S_{0}({\bf r})$のデータファイルが格納されている ディレクトリーを指定している。(変更不可)

drvname, machine, frt
drvname, machine are used in new.sh and they assign the calculation environment. frt assigns a character string used for the default name when external files aren't assigned by the OPEN commnand. In Chapter 7, details of the specific calculation environment are explained.

drvname, machineはnew.shで使用するもので、計算環境を 指定している。 frtは、OPEN文で外部ファイルを指定しないときに用いられ るデフォルトの名前に使用する文字列を指定する。第7章に 具体的計算環境についての説明がある。

szeror
In case of the calculation of ionized state, this assigns the file name of $S_{0}({\bf r})$. This operates normally only if proper files exist in the directory s0rdir.

イオン化状態での計算の場合、 $S_{0}({\bf r})$のファイル名を指定する。 ディレクトリーs0rdir内にファイルが存在しなければならない。

occupation
By the treatment of Fermi level, Character string metal or simple is assigned. Usually, metal is used for the metal and the semiconductor. simple is used for the cluster, the insulator and the $\Gamma$ point approximation calculation of the liquid.

フェルミ準位の取り扱いにより文字列metalまたはsimpleを 指定する。通常、metalは、金属や半導体に使用し、 simpleは、クラスターや液体の$\Gamma$点近似計算や絶縁体に 使用する。

temppj0, jefsm0
The method of how to blur the Fermi level is assigned by jefsm0 and the blur width is assigned by temppj0(in the unit: Ha). Details of them are explained in the Section 2.10. In case of occupation=simple, they also used for the data outpt, they doesn't affect the total energy, wave functions ,and the electron density.

jefsm0でフェルミ準位でのぼかし方を指定し、 temppj0でぼかし幅(単位:Ha)を指定する。詳細は、 節2.10を参照。occupation=simpleの場合も、 データ出力のために使用されるが、全エネルギー、波動関数、電子密度 に影響はない。

ecutw0, ecut0
Cutoff energies for the plane wave expansion are assigned in the unit of Ry. ecutw0 is the cutoff for the wave function, ecut0 is the cutoff forthe electronic density. In case of calculating the cutoff-dependent in the default scprit file ex_ecut.sh, these assignmant are disregarded.

平面波展開のためのカットオフエネルギーをRy単位で指定する。 ecutw0は波動関数に対するカットオフ、ecut0は、 電子密度に対するカットオフ。 デフォルトスクリプトex_ecut.shでカットオフ依存性を 計算する場合は、この指定は無視される。

acog0, sigg0, e0g0
These are necessary inputs for keeping the effective cutoff energy of a wave function constant by keeping the planewave number constant. These are used when the morecular dynamics under the condition of constant pressure ,etc. are performed. When these aren't used, you must assign 0 to acog0. When acog0 is not 0, sigg0 and e0g0 become effective. When acog0 is effective, you must assign the proper effective cutoff energy to e0g0. At this time, because ecutw0 which has been assigned in the previous line is used for generating the plane wave, it is necessary to assign the proper value which is substantially greater than e0g0 in order to reproduce the planewave number which is required for the accuracy of cutoff e0g0 by the change in the lattice parameter. A value of a few Ry is substituted to sigg0,and a large value of about 100Ry is substituted to acog0. Refer to Paragraph 3.2.2.

平面波数を一定にして、波動関数の有効的なカットオフエネルギーを一定 に保つために必要な入力。圧力一定の分子動力学などを行なうときに 使用する。使用しないときは、acog0に0を指定する。 sigg0, e0g0は、acog0が0でないとき有効となる。 acog0が有効であるとき、 e0g0に目的の有効カットオフエネルギーを指定する。 このとき、前行で指定するecutw0は、平面波を作るために使用される ので、格子定数の変化でカットオフe0g0の精度に必要な平面波数が 再現できるように、e0g0よりも十分大きめにとる必要がある。 sigg0には、数Ryの値を代入し、acog0には、100Ry程度の 大きな値を代入する。節3.2.2を参照。

emass0, hmass0
You must assign the proper mass of the wave function which is used by Car-Parrinello method for emass0. For hmass0(in the unit: a.u.), you must assign the proper mass of the matrix of the pseudo-eigenvalue. However, these are effective in case of occupation=metal. For hmass0, twice the value of emass0 is a measure.

emass0には、カー$\cdot$パリネロ法で用いる波動関数に対する質量を 指定する。hmass0(単位:a.u.)には、擬固有値行列に対する質量を 指定する。ただし、occupation=metalの場合に有効である。 hmass0は、emass0の2倍が目安である。

epsekc0
The convergence accuracy of the electron system is assigned. If the kinetic energy based on the dynamical variable of the wave function falls below this value, it is regarded as the electron system has been converged and the step of Car-Parrinello method is terminated. Although default value is epsekc0=1E-9, if a big system is calculated, assigning a big value is practicable.

電子系の収束精度を指定する。波動関数の力学変数による運動エネルギーが この値を下回ると、電子系が収束したと見なして、カー$\cdot$パリネロ法 のステップを打ち切る。デフォルトは、epsekc0=1E-9として いるが、大きな系を計算する場合は、大きな値にするのが実用的である。

iatpfile
This assigns how to read the initial atomic coordinate. However, only the limited method are permitted. In the normal case when you assign the initial coordinates in sample.dat.sh, you must assign iatpfile=0. Only in the case when you assign the initial coordinate based on the primitive lattice system in sample.atp.sh, you can assign iatpfile=1. In the latter case, it is used when the optimization of the lattice parameter is performed.

初期原子座標の読み込み方を指定する。ただし、限定された使用法しか 許されていない。sample.dat.shで初期座標を指定する通常の 場合は、iatpfile=0である。sample.atp.shで、 プリミティブ格子軸の座標で初期座標を指定する場合はにのみ、 iatpfile=1を使用できる。後者の場合、格子定数の最適化を 行なう場合に使用する。

ifmol0
In the case of molecular crystal, etc., this assigns how to read the initial atomic coordinate. In the normal case when you assign the initial coordinates in sample.dat.sh, you must assign iatpfile=0 and also ifmol0=0. After you assign the center of the molecule based on the coordinate of the primitive lattice axis, in case when the initial coordinates of the molecule is assigned, ifmol0=1 is used. This is possible to use together with ex_opte.sh and ex_optls.sh. This assigns intramolecular coordinates in ${datfile}.atp.sh file. However, this is possible to assign only what all molecules direct in the same direction at the present time.

分子性結晶などで、初期原子座標の読み込み方を指定する。 sample.dat.shで初期座標を指定する通常の場合は、 iatpfile=0であり、同時に、ifmol0=0を指定する。 プリミティブ格子軸の座標で分子の中心を指定した後に、分子の初期座標 を置く場合に、ifmol0=1を使用する。ex_opte.shや ex_optls.shと合わせて使用することができる。 ${datfile}.atp.shファイルの中で、分子内の座標を指定する。 ただし、まだ全ての分子が同じ方向を向いたものしか指定できない。

rlatsum
This assigns the method which takes a sum of nearest neighbor atoms in real space. In case of a crystal system whose cell size is small, rlatsum=1 is assigned. In case of that is large such as the cluster or the liquid, etc., rlatsum=0 is assigned. In any case, if you assign rlatsum=1, there is no error in the calculation. But, you can reduce unnecessary calculations by using a proper flag.

実空間での最近接原子間の和をとる場合の方法を指定する。 単位胞の大きさが小さい結晶系の計算には、rlatsum=1を指定 し、クラスターや液体などの単位胞が大きい場合は、rlatsum=0 を指定することができる。 どんな系の場合も、rlatsum=1を指定しておけば、計算に間違いは ないが、使い分けることにより、必要のない計算を省くことができる。

spgr
In the case of crystal system, you must assign the directory name where k-point is stored. This is effective in case of the multi k-point sampling method executed when JKSMP=3,6 is assigned(Refer to Paragraph 3.3.4). In the case of $\Gamma$-point sampling, you don't have to change it.

結晶系の場合に、k点が格納されているディレクトリー名を指定する。 複数k点のサンプリング法 (項目3.3.4を参照) JKSMP=3,6の場合に有効である。$\Gamma$点サンプリングの 場合は、変更しなくてよい。

kptsdat0
The file of k-point sampling is assigned by the absolute path. In the case of JKSMP=1,2,4,5, a file is generated and the path to that file is assigned. For details of file format, refer to Section 3.3.

k点サンプリングのファイルを絶対パスで指定する。 JKSMP=1,2,4,5の場合は、ファイルを作成し、そのファイルの パスを指定する。ファイルの書式は、節3.3を参照。

ekdisp0
Proper files which assign the line of the dispersion relationship are assigned, respectively, by the absolute path. For details of the file format, refer to Paragrapgh 1.4.5.

分散関係のラインを指定するファイルを絶対パスでそれぞれ指定する。 ファイルの書式は、項目1.4.5を参照。

exstyle, numcpu
In the case of parallel calculation, you must assign exstyle=p. In the case of non-parallel calculation, you must assign exstyle=s. In the case of parallel calculation, the parallel number is assigned to numcpu. In the case of SR8000, assignment here comes to be disregarded. By using qsub command with a option(-N), the parallel number is assigned . For details, refer to Table 7 and Chapter 7.

並列計算の場合は、exstyle=p、非並列計算の場合は、 exstyle=sと指定する。 並列計算の場合は、並列台数をnumcpuに指定する。 ただし、SR8000の場合は、ここでの指定は、無視されるように なっており、qsubコマンドで、並列台数をオプション(-N)を 用いて指定する。詳細は、表7や章7を 参照。