7.6 Primequest
(Research Center for Computational Science, National Institute of
Natural Sciences : 分子研)

(a)

You should refer to a manual made by IMS for the common computational procedure. Machine configuration has changed due to the machine replacement since the summer of 2006. You should perform compilation after logging into ccprq from ccfep1.

一般的な計算手順は、同センターが作っている計算機のマニュアルを参考にする。マシンリプレースにより2006年度夏からマシン構成が 変わった。ccfep1からccprqにログインしてからコンパイル等の作業を行う。

(b)

Calculations are performed with the method whose computation job is submitted from front-end processor to back-end processor by queueing system. You have to submit a job from ccfep1 or ccprq.

キューイングシステムにより計算ジョブをフロントエンドプロセッサーからバックエンドプロセッサーに投入する方法で計算を行う。 ccfep1またはccprqにおいてジョブを投入する。

(c)

You have to set exstyle to p, set drvname to prq and set frt to fort, respectively, in cpvo.sh.

cpvo.shで、exstyleを設定する。exstyle=pを設定する。drvnameには、prqを指定する。 frtにはfortを指定する。

(d)

You have to create a script file using for the submission of a job. You can use jcf.prq.sh. You have to specify the number of parallel, the number of threads, the time limit and the memory in this script.

ジョブ投入用のスクリプトファイルを作成する。 jcf.prq.shを利用することができる。 このスクリプト内で並列度数、スレッド数、制限時間およびメモリ制限を指定する。

# @$-lP 2
# @$-lp 5
# @$-lT 12:00:00
# @$-lm 1gb

For above instance, the number of parallel is specified to 2, the number of threads is specified to 5, the time limit is specified to 48 hours and the memory is specified to 1 GB, respectively. The number of CPU used in this calculation is 10 (Two-parallel times five-threads equals 10-CPU). Additionally, you have to specify a current directory where calculation is performed as shown below.

上記の例は、並列度数2、スレッド数5、計算経過時間12時間および メモリ1GB、を指定している。使用されるCPU数は、並列度数2、スレッド数5 を掛け算した10CPUである。CPVOコードの場合スレッドを1と指定し、MPI並列 計算を実施する方が効率的なようである。計算を行うカレントディレクトリを 指定する。例えば、

cd /home1/users/qu1/CPVO/application/c.nt.0404

のようにする。

(e)

When you subimit a job, you shoud do as shown below.

ジョブの投入は、

%> jsub -q PB jcf.prq.sh (return)

-q is an option which specify the type of queues. If you want to monitor a job, you should do as shown below.

とする。-qは、キューの種類である。 ジョブを監視するには、

%> jstatr -h ccprq

or

や

%> jstatq -h ccprq

Please refer to the manual of IMS. If you want to cancel a job, you should check job_id by jstatr and do as shown below.

等があるが、分子研のマニュアルを参考にしてほしい。 ジョブをキャンセルするには、jstatrでジョブID job_idを知り、

%> jdel -h ccprq job_id

とする。