7.5 Altix4700
(Research Center for Computational Science, National Institute of
Natural Sciences : 分子研)

(a)

You should refer to a manual made by IMS for the common computational procedure. Machine configuration has changed due to the machine replacement since the summer of 2006. You should perform compilation after logging into ccatx from ccfep1.

一般的な計算手順は、同センターが作っている計算機のマニュアルを参考にする。マシンリプレースにより2006年度夏からマシン構成が 変わった。ccfep1からccatxにログインしてからコンパイル等の作業を行う。

(b)

Calculations are performed with the method whose computation job is submitted from front-end processor to back-end processor by queueing system. You have to submit a job from ccfep1 or ccatx.

キューイングシステムにより計算ジョブをフロントエンドプロセッサーからバックエンドプロセッサーに投入する方法で計算を行う。 ccfep1またはccatxにおいてジョブを投入する。

(c)

You have to set exstyle to p, set drvname to rccsaltix and set frt to fort, respectively, in cpvo.sh.

cpvo.shで、exstyleを設定する。exstyle=pを設定する。drvnameには、rccsaltix を指定する。 frtにはfortを指定する。

(d)

You have to create a script file using for the submission of a job. You can use jcf.altix.sh. You have to specify the number of parallel, the memory and the time limit in this script.

ジョブ投入用のスクリプトファイルを作成する。 jcf.altix.shを利用することができる。 このスクリプト内で並列度数、メモリ、および制限時間を指定する。

#PBS -l select=ncpus=3:mem=4096mb
#PBS -l cput=48:00:00

For above instance, the number of parallel is specified to 3, the memory is specified to 4 GB and the time limit is specified to 48 hours, respectively. Additionally, you have to specify a current directory where calculation is performed as shown below.

上記の例は、並列度数3、メモリ4GB、計算経過時間48時間を指定している。 計算を行うカレントディレクトリを指定する。例えば、

cd /home1/users/qu1/CPVO/application/c.nt.0404

のようにする。

(e)

When you subimit a job, you shoud do as shown below.

ジョブの投入は、

%> jsub -q PA jcf.altix.sh (return)

-q is an option which specify the type of queues. If you want to monitor a job, you should do as shown below.

とする。-qは、キューの種類である。 ジョブを監視するには、

%> jstatr -h ccatx

or

や

%> jstatq -h ccatx

Please refer to the manual of IMS. If you want to cancel a job, you should check job_id by jstatr and do as shown below.

等があるが、分子研のマニュアルを参考にしてほしい。 ジョブをキャンセルするには、jstatrでジョブID job_idを知り、

%> jdel -h ccatx job_id

とする。