原子配置を回転移動させた原子配置を作成する。電子系の収束を行う前に実行し、
スクリプトsample.dat.sh内の原子配置データをあらかじめ計算
するものである。
回転させるときには回転中心を考慮する必要がある。そこで、このスクリプトでは
入力した原子配置に対して、平行移動、回転移動、平行移動の順に演算を行い
原子座標を出力する。最初の平行移動では、
X1,Y1,Z1に平行移動させたい量を実数で指定する。
JTR1=0のときは、移動ベクトルを直交座標系で入力する。単位は、
IUNITTR1=1のとき
で、IUNITTR1=0のとき、
a.u.である。JTR1=1のときは、移動ベクトルを各結晶軸の実数倍で指定する。
回転移動では、3個のオイラー回転角(
)を度数単位で与える。
回転の演算子
を原子座標に演算する。
その後さらに平行移動を指定する。指定の仕方は最初の平行移動と同じである。
結晶軸の実数倍で移動量を指定するときは、最初に与えた結晶軸をもとに
移動ベクトルが作られる。
その他の入力については、スクリプトsample.dat.sh内の
入力が参考になるはずである。