1.4.4 sample.atp.sh

The default file is as follows. Parts of the shell variable are defined in the superior script files. Only if iatpfl=1, this file is valid. In case of iatpfl=0 in cpvo.sh, you don't have to edit this file.

デフォルトのファイルは、下記のようになっている。 シェル変数の部分は、上位のスクリプトで定義されている。 iatpflに1が入っている場合にのみ、このファイルは有効であり、 cpvo.shでiatpfl=0と指定している場合は、このファイルの編集は 行なわなくてよい。

cp ${srcdir}/atp.x ${rundir}
cp ${srcdir}/molatp.x ${rundir}
${rundir}/atp.x > ${rundir}/atp0 << end
${iatpfl}
${ibrav} ${cdm1} ${cdm2} ${cdm3} ${cdm4} ${cdm5} ${cdm6}
1                NSP
2                NA(IS)
0.0 0.0 0.0      TAU0(3,IA,IS)
0.25 0.25 0.25
0                IFMOL
0                IFSPG
end
if test ${ifmol0} = 0
then
     exit
fi
cat > ${rundir}/molatp0 << end
2                                   NATM
1 0.0 0.0 -1.151690000000000E+00   ISP DTAU0(3,IA,IS)
1 0.0 0.0  1.151690000000000E+00
end
if test ${ifmol0} = 1
then
${rundir}/molatp.x > ${rundir}/atp1 << end
${rundir}/atp0
${rundir}/molatp0
1                NSP
2                NA(IS)
end
mv ${rundir}/atp0 ${rundir}/atp3
cp ${rundir}/atp1 ${rundir}/atp0
fi
exit

The first part of IFMOL, you should always give 0. IFSPG, you should give 0 or 1. In the case of 1, generators are read into a space group from a file spg0. If atoms are not put on the place on which the symmetry of the crystal was reflected, the coordinates and the number of atom are compensated, and the atomic coordinates are outputted to (20). the result is used in cpvo.

The second part which is related to ifmol0=1 can be used to arrange a molecule. In the case of using you must specify ifmol0=1 in cpvo.sh. Moleculars are arranged on each coordinates specified in the input of atp.x. The above example is an example to place diatomic molecules which is generated from first aromic species toward the $z$-axis. In total, two molecules, in other words, four molecles will be calculated. Input coordinate DTAU0 is inputted by the unit of a.u. For ISP of middle, you specify a type number of the atom. Currently, it only corresponds to arrange the molecule which oriented in the same direction.

前半部分のIFMOLには常に、0を与える。 IFSPGは、0または1を与える。1のときは、ファイルspg0 から空間群に生成元を読み込んで、結晶の対称性を反映させた場所に原子が 置かれていないときにはその原子の座標と原子数を補って(20)に原子座標を出力し、 cpvoでその結果を使用する。

後半部分のifmol0=1に関係する部分は、分子を配置したい場合に用いる ことができる。 使用する場合は、cpvo.sh中でifmol0=1と指定する。 atp.xの入力で指定した各座標に、分子を配置する。 上記の例では、1番目の原子種の原子で作られる2原子分子を$z$方向に向けて 配置する例である。合計で2分子、4原子の計算をすることになる。 入力座標DTAU0は、a.u.単位で入力する。中段のISPには、原子の種類 番号を指定する。現在は、同一方向に配向した分子を配置する場合だけに 対応している。

The following is an example of CaSiO$_{3}$(perovskite struture). In this case, the portion related to ifmol=1 is not necessary, so it has been deleted.

下記は、CaSiO$_{3}$(ペロブスカイト型構造)の例である。 この場合ifmol=1に関係する部分は必要ないので、削除してある。

${rundir}/atp.x > ${rundir}/atp0 << end
${iatpfl}
${ibrav} ${cdm1} ${cdm2} ${cdm3} ${cdm4} ${cdm5} ${cdm6}
3                NSP
3                NA(IS)
0.0  0.5  0.5    TAU0(3,IA,IS)
0.5  0.0  0.5   
0.5  0.5  0.0   
1                NA(IS)
0.5  0.5  0.5    TAU0(3,IA,IS)
1                NA(IS) 
0.0  0.0  0.0    TAU0(3,IA,IS)
end
exit

If there are several atomic species(2 or more is assigned in NSP), NA(IS) and TAU0(3,IA,IS) are used as a set and data is generated as in the above example.

原子種が複数ある場合(NSPに2以上を指定する場合)は、 上記の例のように、
NA(IS), TAU0(3,IA,IS)をセットにして データを作成する。