1.3.32 atpdesign.sh

Atomic positions of the suface of simple metals, carbon nanotubes (CNT), carbon nano ribbons and clusters, etc. are generated. It is executed before performing the convergence of an electron system, and the data of atomic positions in the script file sample.dat.sh is calculated beforehand. atpdesign0.sh is executed as a child process. Since assignment of the input differs according to the generated system, you should move the sample line in a script file to the previous part of atpdesign0.sh and edit, and assign atpdesign.sh for exlist.sh and use it. In regards to the assignment of the input data, after inputting the keyword, you should assign proper data according to it .

単純金属の表面、 カーボンナノチューブ(CNT) 、 カーボンナノリボン、 クラスター等の原子配置を作成する。電子系の収束を行う前に実行し、 スクリプトsample.dat.sh内の原子配置データをあらかじめ計算 するものである。atpdesign0.shが子プロセスとして動く。 作る系に応じて、入力の指定が異なるので、スクリプト内の サンプル行をatpdesign0.shの前に移動させて、編集し、exlist.sh にatpdesign.shを指定して使用する。 入力データの指定は、キーワード(keyword)の入力後、それに応じた データを指定する。

In the case of making the surface system,

表面系を作成する場合、

keyword
surface is assigned.

surfaceを指定する。

element
Chemical symbols are assigned.

化学記号を指定する。

crystaltype
The crystal structure of metals is assigned. Currently, only the surface of fcc(111), (001), (110) and diamond (111) are prepared.

金属の結晶構造を指定する。現在は、fccの(111)(001)(110)表面、 diamondの(111)表面しか準備されていない。

millerindex
Miller's index of the surface is assigned.

表面のミラー指数を指定する。

numberoflayer
The number of layers is assigned.

層の個数を指定する。

numberofvacuumlayer
The number of vacuum layers is assigned.

真空層の個数を指定する。

crystallatticeconstant
The lattice constant of a crystal is assigned.

結晶の格子定数を指定する。

In the case of making CNT,

CNTを作成する場合、

keyword
cnt is specified

cntを指定する。

chiralindexn,chiralindexm
The chiral index is specified.

カイラル指数を指定する。

numberofcell
The number of unit cells in the direction of the tube axis is specified.

チューブ軸方向の単位胞の数を指定する。

In the case of generating $\sigma$ bond ($sp^{2}$ hybrid orbital) hydrogen-terminated carbon nanoribbons,

$\sigma$ボンド($sp^{2}$混成軌道)を水素終端したカーボンナノリボンを 作成する場合、

keyword
c-ribbon is specified. c-ribbonを指定する。

edge
In regards to the edge type, armchair or zigzag is specified.

エッジの種類 armchairまたはzigzagを指定する。

numberofcolumn
The number of carbon sequences of the thickness direction of a ribbon is specified.

リボンの太さ方向のカーボン列の数を指定する。

numberofcell
The number of unit cell of the length direction of a ribbon is specified. In any case of armchair or zigzag, the number of carbon atoms is 2$\times$(numberofcolumn)$\times$(numberofcell), the number of hydrogen atoms is 4$\times$(numberofcell) in armchair, 2$\times$(numberofcell) in zigzag.

リボンの長さ方向の単位胞の数を指定する。炭素原子数は、 armchair、zigzagのいずれの場合も 2$\times$(numberofcolumn)$\times$(numberofcell)個であり、 水素原子数は、armchairのとき、4$\times$(numberofcell)個、 zigzagのとき、2$\times$(numberofcell)個である。

In the case of generating cluster, it cannot be used yet.

クラスターを作成する場合は、まだ使用できない。