3.8.4 IROTSYS

The cluster at leaning arrangement can be calculated by performing rotation operation for the cluster arranged to the orthoganal coordinate system along the cell to axis of coordinates.It is convenient when arranging a cluster etc. according to the [111] directions of a cell. In IROTSYS=1,the euler angle($\theta$,$\phi$,$\psi$) is read from a file, and coordinate conversion is performed by the rotation operation shown below after reading atomic arrangement coordinates in init1.f. After rotation, coordinates is

セルに沿った直交座標系に配置したクラスターを座標軸に回転操作を 施すことにより、クラスターを傾いた配置で計算するときに使用する。 クラスターなどをセルの[111]方向などに合わせて配置するときに 便利である。IROTSYS=1のとき、原子配置座標をinit1.fで読み込んだ後、 ファイル(29)よりオイラー角($\theta$,$\phi$,$\psi$)を読み込んで、次に示す 回転操作で座標変換を行う。 回転後の座標は、

$${\bf r} = x {\bf e}_{1} + y {\bf e}_{2} + z {\bf e}_{3}$$ (19)

$$= ( {\bf e}_{1},{\bf e}_{2},{\bf e}_{3}) \left( \begin{array}{c} x y z \end{array} \right)$$ (20)

$$= ( {\bf e}_{x},{\bf e}_{y},{\bf e}_{z})\ R_{z}(\phi) R_{x}(\theta) R_{z}(\psi)\ \left( \begin{array}{c} x y z \end{array} \right)$$ (21)

$$R_{z}(\phi) = \left( \begin{array}{ccc} \cos(\phi) & -\sin(\phi) & 0 \\ \sin(\phi) & \cos(\phi) & 0 \\ 0 & 0 & 1 \end{array} \right)$$ (22)

$$R_{x}(\theta) = \left( \begin{array}{ccc} 1 & 0 & 0 \\ \cos(\theta) & -\sin(\theta) & 0 \\ \sin(\theta) & \cos(\theta) & 0 \end{array} \right)$$ (23)

The following euler angle is an input for the case of turning z and y axis to [111] axis.

下記のオイラー角は、z軸を[111]軸に向ける場合とy軸を[111]軸に向ける場合の ための入力である。

cat > ${tmpdir}/eangle.dat << end
  -54.73561 -45.0 0.0         THETA, PHI, PSI (z-axis --> [111]axis)
   35.26439 -45.0 0.0         THETA, PHI, PSI (y-axis --> [111]axis)
end

Since the atomic coordinates of xyz form are outputted for initial coordinates to the file(16), initial coordinates can be checked in the file.

初期座標をxyz形式の原子座標をファイル(16)に出力しているので、そのファイルで 初期座標を確認することができる。