1.3.35 atprot.sh

Rotationally transfered atomic positions are generated. This is executed before performing the convergence of the electron system, and the atomic arrangement data in script file sample.dat.sh is calculated beforehand. At this time, it is necessary to consider center of the rotation. Therefore, in this script, it is calculated in order of parallel translation, rotation movement, parallel translation and outputs atomic coordinates and atomic positions are output. In the first parallel translation, In X1,Y1,Z1, the quantity which you want to translate is assigned by natural numbers. In the case of JTR=0, a move vector is input by the orthogonal coordinate system. In the case of IUNITTR=1, the unit is ${\rm\AA}$. In the case of IUNITTR=0, the unit is a.u. In the case of JTR=1, a move vector is specified by multiples of real number of each crystal axis. In the rotation transfer, three Euler rotation angles ( $\theta,\phi,\psi$) are given by the unit of degrees. Rotation operator $R_{z}(\phi)*R_{x}(\theta)*R_{z}(\psi)$ is calculated by the atomic coordinates. Then further, parallel translation is specified. The mehod of assignment is same as the first parallel translation. When the amount of movement is assigned by multiples of real number of each crystal axis, motion vector is generated based on the firstly given crystal axis. In regards to other inputs, the input in the script file sample.dat.sh should be helpful.

原子配置を回転移動させた原子配置を作成する。電子系の収束を行う前に実行し、 スクリプトsample.dat.sh内の原子配置データをあらかじめ計算 するものである。 回転させるときには回転中心を考慮する必要がある。そこで、このスクリプトでは 入力した原子配置に対して、平行移動、回転移動、平行移動の順に演算を行い 原子座標を出力する。最初の平行移動では、 X1,Y1,Z1に平行移動させたい量を実数で指定する。 JTR1=0のときは、移動ベクトルを直交座標系で入力する。単位は、 IUNITTR1=1のとき${\rm\AA}$で、IUNITTR1=0のとき、 a.u.である。JTR1=1のときは、移動ベクトルを各結晶軸の実数倍で指定する。 回転移動では、3個のオイラー回転角( $\theta,\phi,\psi$)を度数単位で与える。 回転の演算子 $R_{z}(\phi)*R_{x}(\theta)*R_{z}(\psi)$を原子座標に演算する。 その後さらに平行移動を指定する。指定の仕方は最初の平行移動と同じである。 結晶軸の実数倍で移動量を指定するときは、最初に与えた結晶軸をもとに 移動ベクトルが作られる。 その他の入力については、スクリプトsample.dat.sh内の 入力が参考になるはずである。