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おおよそのアルゴリズムは、次図のようになっている。
図ではより一般的なプログラムに対応するようになっている。
粒子登録や予測子修正子法がそれである。粒子座標の更新で
ベルレのアルゴリズムを使用する。
モニタリングでは、運動エネルギーやポテンシャルエネルギー、
さらには、原子座標、速度、力などを出力して、運動解析のデータ
として用いる。解析したデータも同時に計算し出力することも
ベルレアルゴリズムのフローチャート拡大図
図:
分子動力学コード(ベルレアルゴリズム使用)のフローチャート
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Copyright (C), Tatsuki Oda (oda@cphys.s.kanazawa-u.ac.jp, Kanazawa University)